O primeiro habitante do município de Jaguaruna foi o Coronel Luiz Francisco Pereira, que em 1867, se dirigiu com sua família a fim de receber a concessão de sesmaria como o primeiro habitante da região, uma vez que as terras do município de Palhoça, de onde procedia, eram pouco férteis. A fertilidade da terra continuou atraindo novos moradores e chegaram, em seguida, Joaquim Marques, Francisco Rabelo e Manoel Marques.
A exuberância das terras fez com que os moradores a denominassem de Campo Bom.
O nome da cidade provém do Tupi-Guarani: “Yaguara – onça” e “Una – preta”, daí o nome de Jaguaruna.
Em 1880, Jaguaruna foi elevada à categoria de freguesia e em 1883, foi extinta para um ano mais tarde, voltar novamente àquela categoria. Porém, com parte do seu território desmembrado e integrado ao de Tubarão. Jaguaruna foi elevada a categoria de município em 1930.