A partir da concessão das três sesmarias, Garopaba do Sul, Campo Bom e Jaguaruna, houve a colonização isolada de pontos do território, mas a formação da sede central começou com a doação do terreno para a construção da primeira igreja e do cemitério em 1875, localizados próximo ao rio Sangão. A área foi cedida pelo Coronel Luiz Francisco Pereira, que após receber terras da sesmaria de Jaguaruna, veio com outros migrantes de Palhoça para o local em 1867.
Em busca de terras férteis vieram também Joaquim Marques, Francisco Rebelo e Manoel Marques, primeiros a iniciarem o processo de exploração agrícola na região.
Em março de 1880, o mesmo território que compreendia as sesmarias concedidas pelo governo imperial, abrangendo ao norte a lagoa de Garopaba do Sul, rios Congonhas e Lajeado, a oeste a sesmaria Caipora até encontrar o rio Urussanga e ao sul o rio Urussanga até a sua foz, foi transformado em freguesia, mas a posse deste vasto território não foi por muito tempo.
Em 1883, uma lei imperial extinguiu a freguesia tornando-a pertencente a Tubarão. Após um ano, o território voltou a ser freguesia, porém com um pequeno diferencial: perdeu parte das terras para a cidade vizinha.
Em Junho de 1890, um grupo de moradores solicitou à intendência municipal de Tubarão o apoio para transformar a freguesia em município. Favorável aos moradores, o governador Gustavo Richard assina, em 06 de Janeiro de 1891, o decreto que institui o município de Jaguaruna.
Extinguido o município, novamente, em agosto de 1923, pelo então governador Hercílio Luz que transformou em distrito de Laguna, somente em 06 de outubro de 1930, Ernesto Lacombe restabelece o município e o interventor do estado Ptolomeu de Assis Brasil reinstala o mesmo oficialmente em 20 de Dezembro de 1930.
Em 1993, ocorreu o último desmembramento do território para a criação do município de Sangão. A comarca foi instaurada pela lei complementar n° 109 de 07 de Janeiro de 1994 e instalada em 19 de Janeiro de 1996, até então Jaguaruna integrava a comarca de Tubarão. Atualmente fazem parte da comarca os municípios de Sangão e Treze de Maio.